边境牧羊犬因为特殊的大脑结构，有的药物比较容易进入脑组织引起中毒，所以像伊维菌素、多拉菌素治疗非柯利犬很有效的药物常常使其中毒甚至死亡。另外牧羊犬的皮肤免疫力也较低，易引起多重感染较难治愈，治好后常反复感染。这类现象不只困惑着养犬的朋友们，有时也让大夫感到棘手。
狗的皮肤病常常发生，跟类型、天气、环境等原因密切有关，因为发生皮肤病发生后对皮肤留下不好的影响，重点应该在预防，而不是治疗!
1、跳虱感染：瘙痒，局部脱毛、皮肤红斑及过敏性皮炎。
预防：可以佩带莎金氏犬用除蚤去虱驱虫项圈预防。
治疗：除上述外，同时对症给药。
2、虱病：瘙痒，狗抓、咬患部，被毛粗乱，紧急时脱毛、无光泽。
预防：可以佩带莎金氏犬用除蚤去虱驱虫项圈预防。
3、蜱感染：寄生处引起轻度异体反应。
预防：莎金氏犬用除蚤去虱驱虫项圈。
治疗：手术摘除，同时用莎金氏驱虫滴剂。
4、蠕形螨感染：分脓包型和鳞屑型。红斑、脓包、皮肤变厚，瘙痒。
预防：莎金氏犬用除蚤去虱驱虫滴剂。
治疗：局部配合灭螨药，应用药物对症治疗。
5、疥螨病：脱毛，红斑，小结节，皮肤变厚，狗不断啃咬患部，被毛稀有，出现湿疹性皮炎。
6、耳螨病：耳部瘙痒，引起抓伤结痂，病狗常摇头、不安。
治疗：用犬用耳油清洗耳道。
